此前被曝光存在“未批先建”等违法行为的海南省三亚新机场项目，其环境影响报告已遭国家海洋局否定。

2017年11月8日，国家海洋局办公室回函环保组织自然之友称，因该项目涉嫌违法用海，国家海洋局已暂停审查该项目用海预审申请。 

据《财新周刊》2017年6月报道，由海航集团兴建的三亚新机场人工岛填海项目，刚在国家海洋局官网公示、尚未完成审批，就已经在三亚红塘湾海域开工。“搭便车”上马的三亚新机场临空产业园旅游产业园（莲花岛）填海项目也在强势推进，超过其一期工程获批的面积建设，并且未按环评批复要求的方式填海。（参见2017年6月12日《财新周刊》文章《三亚新机场填海之患》）  

国家海洋局在上述回函中表示  

2017年4月，国家海洋局在收到三亚新机场人工岛项目环境影响报告书后，依法进行了技术审查、公示、征求意见、听证等审批程序，因报告书存在较多问题，国家海洋局于7月对报告书作出“不予批准”的决定。

此外，三亚临空产业园（莲花岛）一期填海工程为海南省审批的项目，不属于国家海洋局受理范围。

自然之友环境公益诉讼项目负责人葛枫向财新记者介绍，他们从三亚市海洋渔业局网站发现，规划总面积418公顷的莲花岛被划分成了多个填海面积小于50公顷的小项目报批，也就是国家明令禁止的“化整为零”，“国家海洋局的此次回复也侧面印证了这一点。”  

依据《海域使用管理法》，超过50公顷的填海项目，必须上报国家海洋局和国家发改委审批；50公顷以下的项目，则由省级政府审批。为规避国家审批，很多地方将围填海规划“化整为零”，把一个填海项目分解为若干个不同名目的工程，分次在省级审批。  

国家海洋局还表示，经有关部门核查，对三亚新机场相关项目共查处违法案件9起，办结4起，其余案件正在办理中，三亚新机场填海工程项目已于7月25日全面停工。  

该项目总投资1088亿元，占地约25平方公里，属特大型填海海洋工程，所在的位置又毗邻三亚珊瑚礁国家级自然保护区，项目所在湾区本身也生长着大量珍贵珊瑚，同时也是国家一级保护动物中华白海豚繁育、觅食的场所，一直受到相关专业人士的高度关注。 

 
在《财新周刊》报道发表后，海南省省长沈晓明和常务副省长毛超峰均对报道作出批示，三亚新机场填海的违法违规行为也受到了各级海洋部门的重视。8月16日，财新记者在海南省三亚市红塘湾新机场填海现场看到，海洋局已用铁门将进入填海区域的栈桥封锁，门上挂有“监管区域闲人免进”的标志牌。据介绍，自2017年7月起，新机场填海工程已全面停止施工，施工工程船已全部撤离，现场已无施工作业情况。 

 
海南省海洋与渔业厅8月15日在官网称，三亚红塘湾海域围填海存在违法违规占用海域、未批先建等情况，截至7月11日三亚红塘湾涉及违法用海面积99.12公顷，其中填海89.26公顷；非透水性构筑物7.92公顷，透水构筑物1.94公顷。2016年以来，海南省各级海监机构对三亚红塘湾海域违法填海行为和违法采砂行为立案25宗。  

据国家海洋督察组于9月6日通报，针对三亚市新机场违规填海问题，已经约谈了项目业主，要求其全面停工，接受处罚。海监执法部门已立案查处8起违法行为，3宗已缴纳罚款；5宗正在调查处理。现场依法设立动态监管、海洋环境工作站、海监工作站，每天派出人员监管、现场监测。